В зелёном поле свернувшийся в кольцо вокруг золотого ромба золотой же с червлеными глазами, зубами и языком крылатый змей без лап и с двумя головами, по одной на каждом своём конце, причём голова на хвосте меньше, с закрытыми глазами и пастью. Щит увенчан муниципальной короной установленного образца.

Обоснование символики:
Зелёное поле – символ природных богатств района. Тайга на территории района полна промыслов: охота, рыбалка, собирательство; развита добыча древесины.
Золотой крылатый двуглавый змей – герой эвенкийского фольклора змей Дябдар, прокладывавший своим туловищем русла рек, символизирующий одновременно древнюю историю и культуру Могочинской земли и реку Амур, начинающуюся на территории района (два крыла змея – реки Шилка и Аргунь, слияние которых образует Амур). Золотой цвет змея – гласный элемент, поскольку название «Могоча» переводится как «золотое дно» или «золотая долина». Одновременно змей символизирует проходящую через территорию района Транссибирскую железнодорожную магистраль, являющуюся системообразующим фактором в экономическом развитии района: две головы змея, одна спящая, другая бодрствующая символически подчёркивают особенность Транссибирской магистрали – когда на одном конце её день, на другом – глубокая ночь, но жизнь трассы продолжается вне зависимости от времени и обстоятельств. Золотой ромб – символ золота и золотодобычи, которой район обязан как заселением(первые населённые пункты на его территории – посёлки старателей), так и развитием.
Красный цвет языка, глаз и зубов змея – символ жизненной силы и рождения, символизирует начало великой реки Амур.
Корона указывает на то, что Могочинский район является муниципальным образованием и обладает статусом «муниципальный район»

Авторы герба - Владислав Кузьмичёв и Андрей Букин.